白碱滩区卫生防疫站成立于1991年12月，实行“一块牌子，两种机构”的建制，由新疆石油管理局钻井公司职工医院与白碱滩区人民政府两部分技术人员组成，负责白碱滩和乌尔禾两地的卫生防疫工作，因乌尔禾区1995年成立卫生防疫站后，不再负责该地区的卫生防疫工作。1998年4月，本站改制由白碱滩区人民政府统一管理。